苗栗縣大埔農地徵收事件後,政府更加重視社會大眾對保護優良農業生產環境之呼籲,行政院院長吳敦義明確指示,應全面加強特定農業區優先保護。農委會鑑於集村興建農舍對特定農業區優良農地的破壞深具嚴重不可逆性與大面積性,亟須優先加以保護。為落實農業發展條例第 18 條第 1 項立法意旨,農委會令釋強化解釋農業發展條例之立法原意,並無外界所稱增加法律所無之限制。農委會令釋主要亦是積極回應監察院之糾正,期能即時遏阻集村農舍大量鯨吞優良農地之情勢,降低「農業用地興建農舍辦法」修法過程中可預期的惡意搶建,造成對優良農地戕害,此乃政策管制面上不得不斷然處理的措施。
基於保護優良農地的全民共識,為貫徹保護優良農地以維持糧食潛在供應能力,農委會令釋雖限制集村興建農舍不得坐落於特定農業區,但真正從事農業經營的農民,仍得於自有農業用地從事農業生產及申請興建個別農舍,且亦得於非特定農業區內土地,以集村方式與他人共同申請集村農舍,其農業經營與申請興建農舍的權利並未受到損害,且能充分保障真正從事農業生產的農民權益。