經建會討論後,原則同意該案原核定經費為122.2億元,其中增購通勤電車63.36億元移列於「臺鐵整體購置及汰換車輛計畫」、增設環南路站0.6億元移列於「臺鐵都會區捷運化─桃園段高架化建設計畫」,調増工程建造費等26.6億元,修正後總經費為84.84億元。其中,用地取得及拆遷補償增加5.53億元,由臺鐵局自行負擔。
該計畫總期程至20132年與原核定相同,其中除三軌工程因具時效性,應於2012年通車外,其餘各子項計畫,交通部確實督導臺鐵局落實執行,不得再展延期程及經費。有關用地經費,臺鐵局依2005年行政院核定原則,朝以地易地、區段徵收、跨區交換等方式研議,並活化騰空土地之效益,以挹注該計畫所需經費。
經建會認為,該計畫未依據歷次院長函示提出經濟效益及財務計畫,交通部督核臺鐵局於2個月內覈實依研商會議原則補充內容後報院。工程應朝加值減費、多元化場站營運等挹注財源,俾健全長期財務規劃。並請交通部會同相關機關針對沿線站區腹地開發之可行性提 出整體開發計畫,據以納入財務規劃。
此外,有關臺鐵捷運化之目的及方式,除增購車輛、增設車站外,對於增加班次、縮短班距及佈増側軌均應一併檢討,臺鐵局亦於6個月內補充捷運化之具體作為。後續各部會提報公共建設計畫,應補充財務策略規劃及協調地方政府配合辦理都市計畫與增值土地聯合開發效益評估,俾憑審議。