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別墅價格往往比大樓高，房屋稅卻相對為低。
【MyGoNews廖賢龍/台北報導】大樓的房屋稅比別墅還要高的現象已起立法委員注意，認為行政院應該要權責機關重新檢討修正房屋稅率的計算標準，不過，行政院認為，高樓層建物造價成本會比低樓層建物為低，依各縣市不動產評價委員會評定的房屋表準價格及現值會比低樓層的負擔為重。
立法委員楊瓊瓔針對現行大樓房屋稅率指出，大樓以造價成本為計算標準並沿用20幾年迄今，以致變相造成大樓愈高稅負愈多，甚比別墅還高的特殊現象，依各地稅務局說法為大樓房屋稅高、別墅房屋稅低，主要是房屋稅計價二、三十年來，都是以工程造價為課稅標準，大樓造價成本貴，別墅低，所以房屋稅評價就變成「大樓愈高房屋稅愈貴，全省都一樣」。
但多數人觀點認為，同一地段別墅要比大樓值錢，房屋稅應比大樓高，怎會房屋稅卻比大樓低。此外，根據調查以鋼筋水泥造的房子論，14層大樓每平方公尺4950元，10層大樓3950元，5樓透天別墅2800元，這種以造價的課稅標準，除非檢討修改，否則沒辦法改變。
不過，根據行政院的說法是建築技術規則對於高樓層建築物的建築構造、防火避難設施、建築設備等均有較嚴格規範，基於建築物載重強度、承受風力、地震力或其他橫力、衝擊作用等安全性及施工技術等因素，房屋總層數愈高，其單位建造成本通常亦愈高。依房屋稅條例第11條第1項第1款規定，各直轄市、縣市不動產評價委員會應按各種建造材料所建房屋，區分種類及等級等評定房屋標準價格。高樓層房屋的單位建造成本較高，所評定的房屋標準價格及房屋現值較高，相對於總樓層數較低的建築物，其房屋稅負擔亦較重。
此外，房屋稅僅就建築物的價值課徵，不含持有土地應負擔的地價稅，因此可能發生高市價房地產(如土地面積大之透天房屋或別墅)的房屋稅額低於低市價房地產的房屋稅額(如土地面積小之高樓層房屋)情形，如併同考量地價稅稅負，整體稅負而言尚稱合理。
