交通部表示,高鐵新增苗栗、彰化及雲林三站台灣高鐵公司與政府簽署「興建營運合約」中必須執行的項目,自始即為高速鐵路建設計畫一部分。由於台灣高鐵公司原始股東未能適時辦理增資,致使該公司財務結構不佳。
交通部除協助台灣高鐵公司進行債務重組,大幅降低融資利息負擔外;並自2009年起,同意將折舊方法改為運量百分比法,以減輕該公司營運初期提列折舊的負擔。然因高達4、5千億元高鐵資產價值,須於營運特許期內完全提列完畢,所以,折舊問題仍為該公司尚待解決之課題。交通部已請台灣高鐵公司預為因應,該公司亦已著手研議相關對策中。交通部未來將依相關法令規定儘可能協助解決。
交通部過去基於維持高鐵正常營運,並避免合約終止所造成社會經濟面衝擊,在公共利益考量下,協助台灣高鐵公司進行債務重組。未來該公司折舊問題一旦解決,隨著運量持續成長及財務狀況改善,交通部將適時協助該公司辦理增資,以提升其自有資金比率,改善其財務結構。至於增資方式,屆時將研議股票上市可行性,使高鐵建設經營成果及效益,開放全民參與共享。