國有財產局經管土地數量龐大,因土地分散於全國各地,且夾雜於私有土地間,在地界不明,部分民眾不守法,而刑法竊佔罪責不高,致未能根除占用問題。加上該局接管早年的日產、1997年間縣(市)政府終止代管土地、1998年間精省省產、他機關移交、民眾抵稅、拋棄、無人繼承收歸國有等土地,於接管前已遭占用,肇致被占用數量龐大。此外,該局經管很多現況為水溝、道路的土地,此類土地均屬公用性質,本應由目的事業主管機關撥用後管理維護,但多未獲配合,致增加該局管理負擔,排擠占用處理人力。
國有財產局進一步表示,處理占用雖面臨諸多困難,但是不斷積極研謀對策並運用衛星監測科技輔助,提高處理效能,自1995年迄今,累計共處理收回35萬餘筆土地、面積6萬1千餘公頃被占用土地,收取使用補償金125億3百餘萬元。該局為加強處理被占用國有非公用土地,訂定「被占用國有非公用土地加強處理方案」,透過訴訟、協調地方政府及相關部會以公權力強制清除等方式,優先處理高價值、大面積及涉及國土保安的被占用土地。