- 建客運中心及公共配套設施等陸域建設,2016年年底完工,2019年購物、商貿、休閒BOT設施開始營運。
依據計畫,有關金門國內商港部分,料羅港區將先辦理規劃研究工作,探討中期擴充貨運儲運能量之可行基礎;九宮港區則利用既有資源進行轉型發展觀光遊憩;目前實質建設均集中於水頭港區,將新建客運中心及公共配套設施等陸域建設,預定2016年年底完工,2019年購物、商貿、休閒BOT設施開始營運,預計小三通客運量每年成長率至少6%以上,帶動地方整體繁榮。
至於馬祖國內商港部分,將以改善各碼頭區基礎設施與提昇客運安全為目標,福澳及白沙碼頭區將利用擴建後或既有閒置土地,發展公共建設並吸引民間投資,發展觀光、購物、商貿、休閒活動,建構兩岸商品交易平台。