內政部營建署表示,中科四期開發案前經2009年11月16日核發許可,因基地內既有聚落相思寮及萬合農場住戶陳情保留既有房舍及耕地,經2010年8月13日行政院院長接見陳情住戶,決議辦理相思寮聚落現地保留事宜並撤銷徵收,另請國有財產局以專案讓售方式辦理相思寮聚落周邊國有土地讓售,以利耕作。
中科管理局依前開決議,將現住戶保留區及農業保留區劃出計畫範圍,內政部於2011年6月23日提區域計畫委員會審查時,委員會針對另有相思寮聚落外農場巷3住戶陳情能一併考量安置等意見,請中科管理局提出相關妥適方案後,再提會討論。經中科管理局於2011年7月14日與農場巷3住戶達成協議以專案讓售方式安置於相思寮聚落內後,提報內政部區域計畫委員會審議,經委員會討論決議通過,相思寮聚落、萬合農場聚落及另劃設之農業保留區土地均同意劃出開發範圍,中科管理局後續依決議修正書圖取得內政部許可函後,將可循程序辦理撤銷徵收及專案讓售事宜。
內政部營建署最後表示,區域計畫委員會也特別就後續相思寮聚落、萬合農場聚落及農業保留區之相關安置執行,建議中科管理局仍應協調妥善處理,務使全案獲得圓滿解決。